После получения в августе 2001 года сертификата типа на самолёт-амфибию Бе-200 перед ТАНТК встала задача до конца года выполнить программу сертификационных испытаний для Бе-103. Поэтому ловили погоду и летали очень много (до 10 полётов в день).
К концу 2001 года программа сертификации, в том числе и такой сложный элемент, как полёты на флаттер, была успешно выполнена. 26 декабря 2001 года генеральному директору ОАО «ТАНТК им. Г.М. Бериева» — Г.С. Панатову на этот самолёт был вручён сертификат типа нормальной категории Авиарегистра Межгосударственного Авиационного Комитета.
В рамках сертификационных испытаний на самолётах Бе-103 было выполнено 263 полёта, из которых 59 — с воды.
В июле 2002 года Бе-103 (№3102, RА-03102) принял участие в международном авиасалоне «Гражданская авиация — 2002», прошедшем в московском аэропорту Домодедово, а уже в сентябре амфибии (№3102 и №3103) выступали «дуэтом» во время Четвёртой Международной выставки и научной конференции по гидроавиации «Гидроавиасалон-2002», Летали на них Г.Г. Калюжный от ТАНТК и Ю.М. Кабанов от ГосНИИ ГА. В одном из демонстрационных полётов Ю.М. Кабанов вывез на Бе-103 заместителя главкома ВВС РФ по вооружению ДА Морозова, который ознакомился с новой амфибией в воздухе.
В следующем 2003 году, помимо традиционного участия в МАКС-2003, амфибия отправилась «за моря». В июле российская амфибия впервые оказалась на Североамериканском континенте. В сентябре — октябре ТАНТК имени Г.М. Бериева совместно с КнААПО представили самолёт-амфибию Бе-103 на Международной Морской и Авиакосмической выставке «LIМА-2003».
Во время открытия морской части экспозиции выставки Бе-103 (RA-03103) с блеском продемонстрировал свои возможности перед премьер-министром Малайзии Мухаммедом Мохатхиром. Затем в ходе выставки амфибия участвовала в демонстрационных полётах как с земли, так и с воды. На статической стоянке в аэропорту с Бе-103 ознакомился Его Величество король Малайзии Дирам Джван-ку Саед Сирахуддин.
Получение сертификата МАК стало важным, но лишь первым шагом на пути Бе-103 на международный рынок авиационной техники. Чтобы самолёт наконец превратился в реальный товар, необходимо было снять ряд эксплуатационных ограничений и провести сертификацию по международным стандартам. К этому времени в Комсомольске-на-Амуре полностью освоили технологию производства Бе-103 и подготовили необходимую оснастку.
Но, для того чтобы открыть амфибии путь на эти очень перспективные рынки (прежде всего Северной Америки), на повестку дня встала задача сертификации таганрогской машины в США. Партнёром ТАНТК и КнААПО в Америке стал бизнесмен из штата Нью-Джерси Кент Линн и его компания Sky Manor Airport.
В соответствии с Соглашением, заключённым между К. Линном, ОАО «КНААПО» и ОАО «ТАНТК им. Г. М. Бериева», американский бизнесмен стал официальным дилером по продаже Бе-103 в Северной Америке. Он же стал первым покупателем амфибии, заказав три самолёта.
Выполнение программы сертификации по FAR-23 началось в конце 2001 года, проходившей в соответствии с Двусторонним межправительственным соглашением по авиационной безопасности между Россией и США, при непосредственном участии Авиационного регистра Межгосударственного авиационного комитета.
Благодаря соглашению, к этому моменту заключённому между российской стороной и Кентом Линном, представители FAA, принимая во внимание наличие заказчика на самолёт Бе-103 в лице гражданина США, в ходе сертификации конструктивно подходили к сотрудничеству с российской стороной.
Тем не менее был проделан большой объём работы. По вопросам сертификации специалисты ТАНТК несколько раз посещали США. Побывали в России и представители FAA. В марте 2003 года в процессе сертификации машины американский лётчик-испытатель совершил в Таганроге серию полётов на Бе-103, в том числе по измерению уровня шума, создаваемого на местности, и на сваливание. По мнению заокеанских специалистов, российская амфибия вполне отвечает требованиям FAR-23, приятна в управлении и, главное, доступна для освоения американским лётчиком средней квалификации. Программа сертификации завершилась летом 2003 года и 11 июля FAA выдала Бе-103 свой сертификат типа.
Сборка первой серийной партии амфибий Бе-103 по заказу К. Линна началась ещё летом 2002 года. Уже через год первые три самолёта (с серийными номерами 3301, 3302 и 3303) были построены. Одна амфибия (№3301) предназначалась для использования самим Линном, а также в целях рекламы, а две другие (№ 3302 и №3303) — для продажи. Головную машину серии поднял в воздух с заводского аэродрома 2 июля 2003 года лётчик-испытатель КнААПО В.А. Губер. Все три самолёта в сжатые сроки успешно прошли заводские испытания и были готовы к отправке в Соединённые Штаты.
Передачу первых серийных машин заказчику решили приурочить к проходившей в период с 29 июля по 4 августа 2003 года в г. Ошкош (США, штат Висконсин) ежегодной выставке Air Venture 2003, организованной американской Ассоциацией экспериментальной авиации ЕАА. Эта выставка является крупнейшим смотром авиации общего назначения не только в США, но и во всём мире. Лучшее место для представления новой амфибии потенциальным покупателям и просто североамериканской авиационной общественности придумать трудно.
Через океан Бе-103 решили не перегонять. а перевезти на борту Ан-124 «Руслан». 23 июля три самолёта Бе-103 и дополнительное оборудование общей массой 10 т доставили на Ан-124-100 компании «Волга — Днепр» из Комсомольска-на-Амуре по маршруту общей протяженностью 10 тысяч км в аэропорт Виттман в Ошкоше.
Продемонстрированные на Air Venture-2003 российские амфибии, без сомнения, стали одной из наиболее ярких страниц выставки. Один самолёт (№3302) находился на статической экспозиции, второй (№3301) — на гидробазе. Самолёт-амфибия, базировавшийся на гидробазе, в ходе работы выставки находился на водной стоянке и выполнял демонстрационные полёты с воды, имевшие огромный успех. Их выполнял лётчик-испытатель КнААПО В.А. Губер. Многочисленные посетители выставки, заинтересовавшиеся новым российским самолётом, постоянно находились как возле Бе-103, так и на совместной экспозиции КнААПО и его американского партнёра — компании Sky Manor Airport. Немалую роль в этом сыграл необычный внешний вид амфибии, разительно отличающийся от традиционных гидросамолётов.
31 июля 2003 года в пресс-центре выставки состоялась официальная презентация и передача Сертификата типа на самолёт-амфибию Бе-103. После окончания выставки самолёт Бе-103 заказчику официально передали. Самолёты были перегнаны в аэропорт Sky Manor и получили американскую регистрацию. К началу ноября 2003 года «рекламный» Бе-103 (№3301, N13KL) совершил пять перелётов, налетав в небе Америки более 70 часов, совершив за это время около 100 взлётов и посадок на сушу и более 200 взлётов и посадок с воды.
Несмотря на то что Бе-103 получил сертификаты типа по российским и американским нормам лётной годности, работы по его дальнейшему совершенствованию продолжились. С декабря 2002 года по ноябрь 2004-го были проведены соответствующие испытания, а авиарегистр МАК выдал ТАНТК дополнения к сертификату типа, расширяющие допустимые условия эксплуатации амфибии. За рубежами России очередной точкой приложения усилий стала Латинская Америка, а точнее Бразилия. 3 августа 2005 года Бразильская авиационная администрация (СТА) выдала сертификат типа на лёгкий многоцелевой самолёт-амфибию Бе-103, что открыло ему дорогу на рынок этой латиноамериканской страны.
Обычно Бе-103, построенные в Комсомольске-на-Амуре, попадали в европейскую часть России на борту транспортных Ил-76. Однако в июне 2005 года этот порядок был нарушен. 6 июня три амфибии поднялись в воздух с заводского аэродрома КнААПО «Дзем-ги». Лидирующий Бе-103 №3203 поднял в воздух старший лётчик-испытатель КнААПО А. Пуленко, двумя другими (№3204 и №3205) управляли лётчик-испытатель КнААПО В. Губер и лётчик-испытатель ТАНТК В. Фортушнов.